Vuosi on 2016. Paikkana on New Port City. Tankkipoliisi käyvät yhä epätoivoista sotaa rikollisuutta vastaan, ja heidän taktiikkansa ovat edelleen hyvin kyseenalaisia. Pormestari Weatherby yrittää saada läpi lakiesityksen, jolla kiellettäisiin tiettyjen aseiden käyttö kaupungissa, mikä tekee hänestä Dai Nippon Geiken -korporaation kohteen. Korporaatio valmistaa nyt liikkuvia aseita, joita Tankkipoliisikaan ei ehkä pysäytä. Dai Nippon Geikenillä on myös yhteys Leona Ozakin entisen parin, Charon Ishiran, murhaan, mikä tekee taistelusta entistä henkilökohtaisemman Tankkipoliisin ykkösagentille. Hän ei pysähdy missään kostaakseen parinsa kuoleman, mutta kestääkö hän koston vaatiman korkean hinnan?

Akira, opettaja Tokiosta, on juuri saapunut pieneen maaseutukaupunkiin aloittaakseen uuden työnsä. Pian saapumisensa jälkeen hän tapaa ja alkaa ihastua Mikiin, paperinvalmistajaan, joka kuuluu suureen ja epätavalliseen perheeseen. Kun hän kuulee muinaisen tarinan, jonka mukaan perheellä on Inugamin eli Koirajumalan kirous, hän pitää sitä typeränä taikauskona. Kun mystisiä kuolemia alkaa kuitenkin ilmaantua, kaupunkilaiset alkavat käydä levottomiksi, ja Akira joutuu kohtaamaan totuuden Mikistä ja tämän perheestä.

Kaksi vuotta "Final Fantasy VII":n tapahtumien jälkeen planeetalla leviää sairaus nimeltä 'Seikon-Shoukougun' eli 'Geostigma'. Uskotaan, että sairauden aiheuttaa kehon reaktio vierasaineita vastaan, jotka tunkeutuivat kehoon kaksi vuotta aiemmin "Final Fantasy VII":n lopussa. Syyllisyydentuntoa kärsivä ja menneisyydensä kummittelema entinen SOLDIER-Cloud Strife on päättää elää eristäytynyttä, yksinäistä elämää ystävistään erillään ylläpitäen samalla "Strifen kuriiripalvelua", jonka päämaja sijaitsee Tifa Lockheartin baarissa, Seventh Heavenissä. Tifan baari toimii orpokotina Geostigmaan sairastuneille lapsille. Siellä Tifa pitää silmällä Barretin kuusivuotiaata tytärtä Marlenea, kun Barret etsii planeetalta vaihtoehtoista energiaa Planetin energialle, Makolle. Eräänä päivänä Cloud saa puhelun entiseltä Shinra, Inc.:n presidentiltä Rufukselta, joka pyytää suojaa salaperäiseltä Kadaj-nimiseltä mieheltä. Kadaj puolestaan etsii veljiensä Lozin ja Yazoon kanssa "äitiään" ja näyttää uskovan, että Cloud tietää mistä tämän löytää. Samaan aikaan Vincent Valentine on vaeltanut planeetalla keräten tietoa Kadajn suunnitelmista, ja Cloudin ja hänen ystäviensä on taas kerran yhdistettävä voimat taistellakseen näitä uusia vihollisia vastaan.

Kokenut samurai, joka on ajautunut vaikeuksiin, vastaa kylän pyyntöön suojelusta rosvoja vastaan. Hän kerää kuusi muuta samuraita auttamaan häntä, ja he opettavat kyläläiset puolustamaan itseään, ja kyläläiset tarjoavat samuraille kolme pientä ateriaa päivässä. Elokuva huipentuu jättimäiseen taisteluun, kun 40 rosvoa hyökkäävät kylään.