Lukio-opiskelija Ling Xiaoyu värvätään G Corporationin Anna Williamsin toimesta siirtymään Kyotoon yliopistoon ja keräämään tietoa Shin Kamiya -nimisestä opiskelijasta. Samaan aikaan Jin Kazama, Mishima Zaibatsun nykyinen johtaja, lähettää Alisa Bosconovitchin yliopistolle samalla tehtävällä. Vaikka he eivät tunne toistensa todellisia motiiveja, Xiaoyusta ja Alisasta tulee läheisiä ystäviä. Heidän ystävyytensä kuitenkin koetellaan, kun Shin siepataan tuntemattoman hyökkääjän toimesta.

Kaksi vuotta "Final Fantasy VII":n tapahtumien jälkeen planeetalla leviää sairaus nimeltä 'Seikon-Shoukougun' eli 'Geostigma'. Uskotaan, että sairauden aiheuttaa kehon reaktio vierasaineita vastaan, jotka tunkeutuivat kehoon kaksi vuotta aiemmin "Final Fantasy VII":n lopussa. Syyllisyydentuntoa kärsivä ja menneisyydensä kummittelema entinen SOLDIER-Cloud Strife on päättää elää eristäytynyttä, yksinäistä elämää ystävistään erillään ylläpitäen samalla "Strifen kuriiripalvelua", jonka päämaja sijaitsee Tifa Lockheartin baarissa, Seventh Heavenissä. Tifan baari toimii orpokotina Geostigmaan sairastuneille lapsille. Siellä Tifa pitää silmällä Barretin kuusivuotiaata tytärtä Marlenea, kun Barret etsii planeetalta vaihtoehtoista energiaa Planetin energialle, Makolle. Eräänä päivänä Cloud saa puhelun entiseltä Shinra, Inc.:n presidentiltä Rufukselta, joka pyytää suojaa salaperäiseltä Kadaj-nimiseltä mieheltä. Kadaj puolestaan etsii veljiensä Lozin ja Yazoon kanssa "äitiään" ja näyttää uskovan, että Cloud tietää mistä tämän löytää. Samaan aikaan Vincent Valentine on vaeltanut planeetalla keräten tietoa Kadajn suunnitelmista, ja Cloudin ja hänen ystäviensä on taas kerran yhdistettävä voimat taistellakseen näitä uusia vihollisia vastaan.

Kokenut samurai, joka on ajautunut vaikeuksiin, vastaa kylän pyyntöön suojelusta rosvoja vastaan. Hän kerää kuusi muuta samuraita auttamaan häntä, ja he opettavat kyläläiset puolustamaan itseään, ja kyläläiset tarjoavat samuraille kolme pientä ateriaa päivässä. Elokuva huipentuu jättimäiseen taisteluun, kun 40 rosvoa hyökkäävät kylään.