Shinji Aramaki

"Ghost in the Shellin" luojan sarjakuvaan perustuen nuori naissotilas Deunan ja hänen kyborgiparikseen Briareos selviytyvät kolmannen maailmansodan jälkeisestä, apokalyptisestä New Yorkista etsien ihmiskunnan tulevaisuuden toivoa, legendaarista Olympuksen kaupunkia.

Federationsotilas Johnny Rico määrätään työskentelemään uusien alokkaiden ryhmän kanssa Marsin satelliittiasemalla, jossa jättiläisötökät ovat päättäneet kohdistaa seuraavan hyökkäyksensä.

2977: Monet vuodet on käyty valtavaa taistelua galaksien halki, kun 500 miljardia ihmistä, joiden esi-isät karkotettiin Maasta, suunnittelevat paluutaan yhä kodiksi kutsumalleen paikalle. Pakoon hävitettyä Maata ajautuneet ihmiset ovat nyt kuluttaneet loppuun niiden galaksien kolkut, joihin he pakenivat. Maasta on tullut kaikkein arvokkain ja kallein resurssi, ja sen hallitsee korruptoitunut Gaia-koalitio, joka hallitsee ihmiskuntaa eri galakseissa. Kotiinpaluusodan taistelussa karkotettu ja mustamaalattu kapteeni Harlock ja hänen luotettu miehistönsä Arcadia-taisteluristeilijällä ovat ihmiskunnan ainoa toivo paljastaa Gaian salaisuudet. Koalitio on vaatinut Harlockin kuolemaa, ja Gaian laivaston uusi johtaja Ezra kääntyy nuoremman veljensä Loganin puoleen, joka soluttautuu Arcadialle murhatakseen Harlockin ja poistaen näin lopullisesti ainoan esteen koalition täydelliselle maailmankaikkeuden herruudelle. Loganin on tehtävä hyvin henkilökohtainen uhraus ja huomattava, että asiat eivät aina ole sitä miltä näyttävät. Sillä välin kapteeni Harlock ja hänen miehistönsä jatkavat tehtäväänsä kostaa koalitiolle ja vakiinnuttaa paluu Maahan.

Asteroidilla, Terran Federationin Fort Casey sijaitsee hyönteispesän päällä. Alesia-alus alkaa laskea joukkojaan valtaamaan ja hallitsemaan hangaaria sekä pelastamaan mahdolliset eloonjääneet. 'Alpha'-tiimi laskeutui ilman suurta vastarintaa hyönteisiltä, ja heidän kohdattuaan Fort Caseyn joukkojen jäänteet, LTA Daugherty päätti pitää asemiaan, kunnes John A. Warden evakuoi, samalla kun Alesia pysyy valmiudessa välittömään evakuointiin.